Certifikacioni proces za HACCP je sličan svim drugim sertifikacionim šemama. Kada je HACCP sistem potpuno dokumentovan i operativan najmanje 3 meseca može se pristupiti certificiranju.Važno je napomenuti da sam plan implementacije sprovodi konsultantska kuća u saradnji sa zainteresovanim klijentom.

Ovaj proces je podeljen u 5 koraka:

1. Priprema HACCP

2. Pravljenje studije i analiza HACCP plana.

3. Implementacija HACCP plana

4. Sertifikovanje HACCP sistema

5. Održavanje i praćenje HACCP sistema